MSZ-006-3A ไวท์เซต้า

ปรากฏตัวครั้งแรกในภาพยนตร์คอมพิวเตอร์กราฟิกส์ขนาดสั้น Gundam Neo Experience 0087: Green Divers และต่อมาได้มีบทบาทอีกครั้งในภาพยนตร์สั้น กันดั้มอีโวลฟ์ตอนที่ 9 ซึ่งเป็นเครื่องประจำตัวของยูนิคอร์นสีขาว (อามุโร่ เรย์) ลักษณะโดยรวมจะคล้ายเซต้ากันดั้มแต่มีสีขาวลายม่วงและได้รับการปรับปรุงให้มีความเร็วมากกว่าเดิม

MSZ-006-3B เกรย์เซต้า

ปรากฏตัวในกันดั้มอีโวลฟ์ตอนที่ 9 เป็นโมบิลสูทประจำตัวของหมาป่าสีเทา (ชิน มัตสึนากะ)ใช้เครื่องกำเนิดพลังงานที่มีกำลังมากกว่าขึ้น เดิมทีนั้นเป็นสีเทาแต่ได้เสริมแอนติบีมโค้ตจึงกลายเป็นสีทองแทน ห้องควบคุมของเกรย์เซต้ายังจำลองสภาพของห้องควบคุมแบบสามจอซึ่งชินคุ้นเคย ด้านหลังมีปีกซึ่งใช้เพิ่มความคล่องแคล่ว มีบีมลันเชอร์ขนาดใหญ่กับปืนกลบีมเป็นอาวุธ

MSZ-006-P2/3C เรดเซต้า

ปรากฏตัวในกันดั้มอีโวลฟ์ตอนที่ 9 เป็นโมบิลสูทประจำตัวของอสรพิษแดง (ยูริ อาจิสสะ) ติดตั้งไซโคนิวไทรเซอร์ซึ่งเป็นระบบไซคอมมิวแบบใหม่

MSZ-006-X เซต้ากันดั้มรุ่นต้นแบบ

รุ่นต้นแบบของเซต้ากันดั้มที่ไม่สามารถแปลงร่างได้เพราะโครงสร้างที่ใช้ไม่สามารถทนแรงกดดันที่เกิดจากกลไกการแปลงร่างได้ เซต้ากันดั้มรุ่นต้นแบบมีสามเครื่อง โดย MSZ-006-X1 มีส่วนหัวแบบเฮียะกุชิกิ MSZ-006-X2 ใช้หัวแบบริคดิแอส และ MSZ-006-X3ใช้หัวแบบนีโม เซต้ากันดั้มรุ่นต้นแบบเป็นส่วนหนึ่งของดีไซน์ต้นฉบับ เซต้ากันดั้ม โมบิลสูทวาริเอชั่น ออกแบบโดย คาซุมิ ฟุจิตะ

MSZ-007 เซต้ากันดั้มรุ่นผลิตจำนวนมาก

รุ่นผลิตจำนวนมากของเซต้ากันดั้ม โดยไม่มีไบโอเซ็นเซอร์และไม่สามารถแปลงร่างได้เพื่อลดค่าใช้จ่ายในการผลิต เนื่องจากสมรรถนะของเครื่องต่ำกว่าที่คาดการไว้จึงไม่มีการผลิตจริง เซต้ากันดั้มรุ่นผลิตจำนวนมากเป็นส่วนหนึ่งของดีไซน์ต้นฉบับ เซต้ากันดั้ม โมบิลสูทวาริเอชั่น ออกแบบโดย คาซุมิ ฟุจิตะ

RGZ-91B รีกัซซี่คัสตอม

เครื่องต้นแบบอีกรุ่นของรีกัซซี่ซึ่งใช้ระบบแปลงร่างแบบปกติแทนแบ็คเวพอนซิสเต็มและมีสมรรถนะสูงกว่า อามุโร่ เรย์ได้เป็นนักบินทดสอบให้รีกัซซี่คัสตอมเพื่อใช้เก็บข้อมูลในการพัฒนารีกัซซี่ รีกัซซี่คัสตอมเป็นส่วนหนึ่งของดีไซน์ต้นฉบับ ชาร์ เคาน์เตอร์ แอทแทค โมบิลสูทวาริเอชั่น ออกแบบโดย มิกะ อาคิทากะ

RGZ-95 รีเซล

โมบิลสูทแบบแปลงร่างได้ซึ่งปรากฏตัวในนิยาย โมบิลสูท กันดั้มยูนิคอร์น ชื่อรีเซล (ReZEL)มาจาก Refine Zeta Gundam Escort Leader และนับเป็นรุ่นผลิตจำนวนจำกัดของรีกัซซี่เพื่อให้นายทหารของหน่วยลอนด์เบลใช้งาน รีเซลใช้ระบบแปลงร่างของ MSZ-005 เมธัสแทนการติดตั้งแบ็คเวพอนซิสเต็มและใช้ชิ้นส่วนส่วนใหญ่เป็นแบบเดียวกับของ RGM-89 เจกันเพื่อลดค่าใช้จ่ายในการผลิต รีเซลได้รับการออกแบบโดย ฮาจิเมะ คาโทกิ